Počítadlo kolonií kvasinek (ColonyCounter)
Charakteristika
Počítadlo kolonií kvasinek je nástroj pro dávkové zpracování snímků Petriho misek s kvasinkovými koloniemi. Nástroj vyhodonocuje dva parametry: relativní pokrytí misky a počet kolonií, obsažených na misce. Nástroj je navržen pro použití ve výzkumné laboratoři, kde se počítá s ruční manipulaci s miskami a s použitím univerzálního snímkovacího systému (kamera na stativu). Pro použití v komerční laboratoři jsou podstatně vhodnější profesionální systémy (vysoká míra automatizace manipulace s miskami, optimalizované jednoúčelové snímkovací zařízení, atd.) Nástroj předpokládá zpracování snímků s tmavým pozadím.
Nástroj provádí automatické prahování snímku, určení přesné polohy (lokalizaci) misky a segmentaci snímku. Rovněž se provádí automatická kontrola chybných snímků (jsou vyřazovány např. snímky s miskou zasahucící částečně mimo okraj snímku, nebo snímky, kde zobrazení misky je příliš malé). V současné době je možné zpracovávat snímky ve formátu .jpg a .tiff, v případě potřeby je možné doplnit načítání jiných formátů. Výsledky zpracování jsou uchovávány ve formě CSV-souboru - více detailů v dokumentaci nástroje.
Nástroj obsahuje jednoduchý grafický editor pro korekci výsledků strojového rozpoznání kolonií.
Tento program je citeware. Pokud jej shledáte užitečným pro Váš účel, budeme Vám vděčni, budete-li moci citovat náš článek Schier, J., Kovář, B.: Automated counting of yeast colonies using the Fast Radial Transform algorithm, BIOSTEC 2011 4th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologie, Rome, Italy, 2011, viz také https://www.utia.cas.cz/biblio?pub=0355696.
Pozor! Nástroj byl přesunut
Kontaktujte autora nástroje, Dr. Jana Schiera.
Kategorie Výsledku
| Číslo projektu | Sekce kontraktu | Rok | Kategorie v RIVu | Komentář |
| 1M0567 | VS1 | 2011 | S | autorizovaný SW |